Na de inval in Polen, september 1939, maar meer nog na het begin van Operatie Barbarossa, de oorlog van Duitsland tegen de Sovjet-Unie, juni 1941, vonden er op grote schaal massa-executies plaats. Honderdduizenden Poolse, Oekraïense, Litouwse en Russische Joden zijn daarbij gedood. Ook veel andere burgers, zoals delen van de niet-Joodse Poolse intelligentsia, zijn vermoord. Uitvoerders van deze massa-executies waren veelal de zogeheten Einsatzgruppen, een klein aantal mobiele eenheden, bestaande uit SS-ers en politiepersoneel, die snel konden worden ingezet voor ‘speciale opdrachten’. De inzet van Einsatzgruppen werd georganiseerd door Reinhard Heydrich. Ze werden regelmatig bijgestaan door de Ordnungspolizei, door de lokale politie en de lokale bevolking. Commando’s veegden vaak de hele of halve bevolking van een dorp bijeen, voerden ze af, schoten ze neer en begroeven de lijken in massagraven of groeves. Ook werden vanaf de herfst van 1941 gevangenen in afgesloten vrachtwagens vergast. De grootste massa-executie vond plaats bij Kiev. Daar werden bij een ravijn in de buurt (Babi Yar) in twee dagen tijd meer dan 33.000 Joodse burgers gedood. In de maanden daarna zijn ruim 100.000 (vooral Joodse) inwoners van Kiev bij Babi Yar vermoord. De inzet van de Einsatzgruppen was de eerste stap in de Endlösung (definitieve ‘oplossing’) van het ‘Joodse vraagstuk’.